心身疾病的发病学机制是目前医学心理学领域亟待深入研究的中心课题之一。就目前的水平而言，有多种理论对此做出自己的解释。这里介绍主要的三种。
（一）心理动力理论
这一理论始终重视潜意识心理冲突在各种心身疾病发生中的作用。
早期，Alexander 认为个体特异的潜意识动力特征，决定了心理冲突引起特定的心身疾病。例如, 哮喘的发作被解释成是试图消除被压抑的矛盾情绪(如与母亲隔离引起的焦虑)或避开危险物，此时病人不是以意识的行为，而是以躯体症状棗哮喘来表达；溃疡病是由于病人企图得到他人喂食与款待的潜意识欲望被压抑；原发性高血压是由于病人对自己的攻击性决断的潜意识压抑等等。
后来的一些心理动力学学者修正了这种理论。目前认为，潜意识心理冲突是通过植物性神经系统功能活动的改变从而造成某些脆弱器官的病变而致病的。例如心理冲突在迷走神经功能亢进的基础上可造成哮喘、溃疡病等，在交感神经亢进基础上可造成原发性高血压、甲状腺机能亢进等。因而他们认为只要查明致病的潜意识心理冲突即可弄清发病机制。
心理动力理论发病机制的不足是夸大了潜意识的作用。
（二）心理生物学理论
心理生物学发病机制的研究重点包括：有哪些心理社会因素，通过何种生物学机制作用于何种状态的个体，导致何种疾病的发生。近几十年有关这方面的研究相当活跃，积累的资料也非常丰富，但由于机制的复杂性，至今尚无法完全阐明心理生物学详细发病机制。
根据心理生物学研究，从大体角度来看，心理神经中介途径、心理神经内分泌途径和心理神经免疫学途径是心理社会因素造成心身疾病的三项形态学意义上的心理生理中介机制。由于心理社会因素对不同的人可能产生不同的生物学反应、以及不同生物反应过程涉及不同的器官组织，因而不同的疾病可能存在不同的心理生理中介途径。
心理生物学研究也重视不同种类的心理社会因素，如紧张劳动和抑郁情绪，可能产生的的不同心身反应过程。这方面也有许多研究成果，因而不同心身疾病的发生也可能与特定的心理社会因素有关。
心理生物学理论还重视心理社会因素在不同遗传素质个体上的致病性的差异，例如，有证据证明，高胃蛋白酶原血症的个体在心理因素作用下更可能产生消化性溃疡，从而确认个体素质上的易感性在疾病发生中的重要作用。
（三）学习理论
行为学习理论对于心身疾病发病机理的解释是，某些社会环境刺激引发个体习得性心理和生理反应，如情绪紧张、呼吸加快、血压升高等，由于个体素质上的问题，或特殊环境因素的强化，或通过泛化作用，使得这些习得性心理和生理反应可被固定下来而演变成为症状和疾病。紧张性头痛、过度换气综合征、高血压等心身疾病症状的形成，都可以此做出解释。
行为学习理论对疾病发生原理的理解，虽然缺乏更多的微观研究的证据，但对于指导心身疾病的治疗工作已显得越来越有意义。
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