与成人精神分裂症一样，迄今病因还不清楚。目前认为可能与下列因素有关：
1.遗传因素。
本症患儿家族中有精神病遗传史的发生率较高（16％～64％）。儿童精神分裂症的遗传方式以多基因遗传可能性为大，其遗传度为70％，一级亲属中本症发病率：父母为4.0％；同胞为6.7％。有人认为父母同患精神分裂症，其子女患精神分裂症的危险性为40％左右；父母之一患本症其子女发生同病的危险率为7％～17％，表明遗传因素具有重要作用。
2.器质性因素。
本症患儿有围生期损害史较为常见。神经系统发育成熟延迟、神经系统检查有软体征和脑电图异常亦较多见，近年来研究发现精神分裂症患儿诱发电位P300潜伏期显著缩短及波幅降低；头颅CT扫描、磁共振影像（MRI）等研究结果，提示额叶、基底节、颞叶损害与精神分裂症密切相关。
3.心理社会因素。
儿童受到强烈精神创伤，如父母离异、亲人死亡、升学未成等生活事件诱发精神分裂症者较为常见，而且心理社会因素对于病程的延续及预后也有重要影响。
4.病前性格特征。
本症患儿病前性格多为内向。在性格偏异或不健全基础上，受到环境因素的影响，增加发病的危险性。
5.生物化学因素。
这方面研究较少。一般认为本症与中枢多巴胺能系统活动过度和去甲肾上腺素能功能不足有关。有些研究发现本症患儿血浆多巴胺β羟化酶增高，而胆碱能系统受抑制。
