抗日战争期间，潘菽随中央大学内迁重庆。在重庆的八九年中，他以很多精力积极投入抗日民主爱国斗争，同时一直坚守着心理学这块科学阵地。在此期间，他与中央大学、重庆大学的１０几位进步教授自动组织起来，自觉地学习马列主义和毛泽东同志的著作，从中受到很大教益。尤其是列宁在《唯物论与经验批判论》中对心理活动的精辟论述，使他耳目一新。他以自己学习、研究所得，为心理系的学生开设了一门新课――理论心理学，试图用刚接触到的新的哲学思想来解释心理学中的基本理论问题，为心理学探索新的发展道路。
１９４９年南京解放后，他受命参预接管中央大学。中华人民共和国成立后，他参预了南京及华东地区的大学院系调整工作，并接任南京大学（调整后的中央大学）校务委员会主席，１９５１年被任命为第一任校长。
中华人民共和国建国初期，中国心理学从专业设置到教科书，一切照搬苏联，形成了对苏联的依傍。为此，潘菽一心想了解苏联心理学是如何以马列主义为指导发展起来的。１９４９年９月他作为中国科学家代表团员之一去苏联参加巴甫洛夫１００周年诞辰纪念活动。１９５７年他又率中国心理学家代表团赴民主德国访问，往返都路过莫斯科。潘菽很珍惜这两次机会，本希望通过会晤苏联心理学家和参观，好好向苏联心理学界学习，但他所抱的希望没有能实现。这期间，中国心理学的专业机构也作了较大调整。在全国范围内只有南京大学保留一个心理系，另按苏联的模式在北京大学哲学系内设立了一个心理学专业。１９５６年南京大学心理系并入中国科学院心理研究所，潘菽担任了心理研究所所长。在此之前，中国心理学会于１９５５年重新建立，他被推选为理事长。这两个职务他一直担任到８０年代中期。１９５５年中国科学院成立学部，他被聘为学部委员，是学部委员中唯一的心理学家。
６０年代对潘菽本人，乃至对中国心理学都是一个多灾多难的年代。１９６３年他突发心肌梗塞病，几濒于危，住了一年多医院。出院后养病期间开始了“文化大革命”。心理学被诬称为“伪科学”，要“彻底砸烂”，心理研究所和大学的心理学专业也被取消。中国心理学面临灭顶之灾。昔日被人们誉为“活雷锋”的他，一下子却成了“牛鬼蛇神”。他虽年事已高，且身患重病，仍遭到各种迫害。就在这种连性命都难保的情况下，他想的还是如何使我国的心理学能够继续存在与发展。在一次砸烂心理所的批斗会后，他悲愤而坚定地对自己的夫人说：“心理学作为一门科学是砸不烂的，也是取消不了的，前途是光明的。”正是这种坚定的信念，使他在极度困难的情况下，自强不息，奋笔著书立说，以写检查为掩护，偷偷地写下了５０多万字的《心理学简札》初稿。他后来在回顾中写道：“通过写《心理学简札》这项工作，我自以为明确了不少心理学中的问题，较明白地认识到心理学的过去和现在以及未来的趋向，也比较明确了我国心理学的研究和发展基本上应该怎么办。我更加坚信我国心理学必须自力更生，自强自立，决不能再一味仰望于任何国家”。
１９７６年“文化大革命”结束后，为了尽快恢复和发展我国的心理学，年已８旬的潘菽不顾体弱多病，重新挑起了心理研究所所长和中国心理学会理事长这两副重担。他一方面不辞辛苦地做了大量组织领导工作，同时身先士卒，带头从事研究和著述，大力播扬。在他生命的最后１０余年中，共发表论文２０多篇，出版著作５种。在他去世之前，一直主持《关于意识的心理学研究》工作，还担任着《中国大百科全书?心理学卷》编委会主任。１０年中，他先后培养了３名硕士研究生和４名博士研究生。１９８１年中国心理学会、中国科学院心理研究所和九三学社中央委员会联合举办庆祝他从事心理学科研和教学工作６０周年暨９０寿辰的活动，会上他激动地表示，要“活到老，学到老，工作到老”。他清醒地意识到，自己的时间不多了，而要做的事还很多。因而总是夜以继日，废寝忘食地工作。一次，他的女儿专门写信给他，以父女骨肉之情苦心相劝。他回一张小小的字条，上面写道：“我专心一志，时间不够用是事实，实无办法。早睡不可能做到，除非放弃工作。”寥寥数语，足见这位９旬老人忘我的工作精神。潘菽这种高度的事业心和无私奉献的精神在我国心理学界广为传颂，被誉为“我国心理学界的圣人”和“一面旗帜”。正当他辛勤研究不断取得成果时，因患脑溢血病故，从而结束了他艰难而曲折的心理学界历程，时年９１岁。潘菽在心理学的教学、科研及其组织领导岗位上勤勤恳恳地工作了６０余年，为中国心理学的发展做出了巨大的贡献，被认为是中国现代心理学的奠基人之一，理论心理学的主要开拓者。
教书育人 广植桃李
潘菽从２０年代中期到５０年代中期，执教３０年，为我国培养了大批人才，尤其是心理学方面的专门人才。
潘菽的知识渊博而扎实。在大学里他曾讲授过普通心理学、实验心理学、理论心理学、比较心理学、社会心理学、应用心理学、心理学史等十余门主要的心理学课程。他讲课从来不用现成的教材照本宣科，而总是自编讲义。他所写的讲义和其他著作都有自己独特的见解。他的学生都感到，潘菽的讲课内容新鲜丰富而深刻。他口才并不流利，也不善言辞，但他认真负责的态度，朴实无华的风格，丰实深刻的思想和深入浅出的讲授，都使同学们获益甚多。
潘菽的教学态度一向是极为认真的。中央大学心理系有的班级只有一两个学生，但他同样认真备课和讲解。他对学生的要求也很严格。有一次，一个学生缺了一堂课，也没有参加做实验，事后抄了一份实验报告交给了他。他发现后严肃地批评了这位学生，并单独给这位学生补了课。几十年以后，当这位老学生想起此事时还由衷地钦佩潘菽严肃负责的教风。
潘菽很讲究教学方法。他反对注入式的教学，注重启发，善于调动学生的学习积极性和主动性。他在讲授心理学史课时，常常先把问题分给学生，分别指定参考书目和阅读的页数，让学生分头准备。上课时先由学生讲，然后自己做总结。这种教学方法，既使学生能够牢固地掌握知识，又锻炼了他们独立学习的能力。他既教书又育人，经常以自己的新鲜进步思想滋润青年们的心田。平时他言语不多，但处处为人表率，身教重于言教，影响学生于潜移默化之中。他对人态度和蔼可亲，作风平易近人，从不摆老师和学者的架子，很有忠厚长者的风度。正因为这样，学生有问题、有困难都爱找他说，平时也很喜欢到他的宿舍谈心，甚至请他当证婚人。在学生的心目中，他既是良师，又是益友。
